Sungai Ciliwung di wilayah Jakarta Selatan yang tercemar (DO=0,01 – 0,82 mg/L) menjadi habitat bagi ikan sapu-sapu Pterygoplichthys pardalis dengan kelimpahan sangat tinggi mencapai 58 individu per meter persegi. Selama ini pemanfaatan ikan sapu-sapu hanya sebatas dibuat bakso dan olahan makanan lain. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis komposisi kandungan asam lemak esensial pada ikan sapu-sapu dari Sungai Ciliwung, Jakarta Selatan. Ikan dikategorikan ke dalam ikan kecil, sedang, besar (n=10 per ukuran) dan kontrol (n=2). Minyak ikan diekstrak kemudian diinjeksi ke dalam GC-MS. Hasil perhitungan rendemen minyak ikan menunjukkan tidak berbeda nyata antara masing-masing ukuran tubuh dan kontrol (p>0.05), dan kadar lemak 0.05) dan terlihat bahwa asam lemak bebas terbesar ditunjukkan oleh sampel ikan besar.
Kata kunci: Asam lemak esensial, ikan sapu-sapu, omega-3, omega-6, Sungai Ciliwung