Udang windu (Penaeus monodon) masih menjadi salah satu sumber pemasukan di sektor perikanan andalan Indonesia dalam upaya menghasilkan devisa negara. Adanya keberadaan dari ektoparasit Protozoa dapat berpengaruh pada penurunan produktivitas udang windu. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Protozoa, mengetahui kategori prevalensi ektoparasit, dan mengetahui faktor abiotik yang paling berpengaruh terhadap keberadaan ektoparsit udang windu di tambak udang Muara Gembong. Sampel diambil dari 3 tambak yang berbeda. Setiap tambak diambil sebanyak 30 ekor udang menggunakan metode purposive sampling yaitu mengambil udang berukuran 17-18 cm. Setiap tambak dilakukan pengukuran faktor abiotik. Pemeriksaan ektoparasit dilakukan pada permukaan tubuh, kaki renang, kaki jalan, dan insang menggunakan metode scrapping kemudian sampel diidentifikasi. Data di analisis menggunakan Principal Component Analysis (PCA). Hasil identifikasi diperoleh 4 genus ektoparasit yang tergolong dari filum Protozoa dan kelas Ciliata yaitu: Ichthyophthirius sp., Trichodina sp., Vorticella sp., dan Zoothamnium sp. Nilai prevalensi yang didapat Ichthyophthirius sp. 5% Trichodina sp. 4%, Vorticella sp. 33% dan Zoothamnium sp. 47%. Kesimpulan dari penelitian ini adalah ektoparasit Zoothamnium sp. dan Vorticella sp. masuk ke dalam kategori prevalensi commonly. Trichodina sp. dan Ichthyophthirius sp. masuk ke dalam kategori prevalensi ocasionally. Faktor abiotik yang paling berpengaruh dengan keberadaan ektoparasit adalah salinitas.
Kata Kunci : Ektoparasit, Protozoa, dan Udang Windu