Penggunaan bahan sintetis untuk obat dan pangan mempunyai efek samping yang tinggi. Hal ini membuat masyarakat beralih pada bahan alami yang mendorong ditemukannya bahan-bahan antibakteri alami yang jauh lebih aman jika dikonsumsi. Penelitian ini bertujuan untuk menguji senyawa antibakteri dari bunga dan daun pepaya varietas ‘Bangkok’ dan ‘California’. Variasi konsentrasi ekstrak 2, 4, 6 dan 8% digunakan dalam penelitian ini. Ekstrak bunga dan daun pepaya varietas ‘Bangkok’ dan ‘California’ dianalisis lebih lanjut menggunakan Gas Cromatography Massa Spectroscopy (GCMS). Ekstrak bunga dan daun pepaya pada kedua varietas menghasilkan respon positif pada bakteri uji Escherichia coli, Salmonella typhi dan Staphylococcus aureus dengan munculnya zona hambat (zona bening) pada sekitar cakram yang berisi ekstrak. Bakteri S. aureus memiliki zona hambat terbesar 8,42 mm pada ekstrak bunga varietas ‘Bangkok’ dan ‘California’, sementara ekstrak daun pepaya varietas ‘Bangkok’ dan ‘California’ sebesar 8,51 mm. Hasil kromatografi GCMS ekstrak bunga dan daun pepaya varietas ‘Bangkok’ dan ‘California’ didominasi oleh Hexadecanoic acid golongan asam lemak. Selain asam lemak terdapat senyawa golongan Alkaloid, Flavonoid, dan Terpenoid yang bersifat sebagai antibakteri. Ekstrak bunga dan daun pepaya varietas ‘Bangkok’ dan ‘California’ memiliki daya hambat terhadap ketiga bakteri uji pada konsentrasi 2, 4, 6, dan 8%.
Kata kunci : Ekstrak Bunga, Ekstrak Daun, Flavonoid, GCMS, Kromatografi