Temu ireng (Curcuma aeruginosa) merupakan tanaman dari genus Curcuma yang dimanfaatkan sebagai obat herbal tradisional di Indonesia. Sampai saat ini diketahui belum adanya data genome dari temu ireng yang terdaftar di National Center for Biotechnology Information (NCBI) sehingga digunakan Expressed Sequence Tags (EST) Curcuma longa untuk diidentifikasi keragaman karakteristik Simple Sequence Repeat (SSR) yang kedepannya dapat dimanfaatkan untuk studi keragaman genetik temu ireng. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman karakteristik SSR dari sekuens EST C. longa serta mengembangkan primer untuk prastudi keragaman genetik temu ireng. Sekuens EST C. longa dilakukan pemrosesan dan analisis motif SSR. Primer didesain menggunakan motif SSR selain mononukleotida dengan panjang ≥ 20 bp dan dianalisis berdasarkan ontologi gen. Hasil penelitian menunjukkan dari 12.675 sekuens EST yang digunakan menghasilkan 3.005 contig dan didapatkan 548 motif perfect SSR dengan frekuensi motif 1/15,27 kb sekuens. Motif trinukleotida AGG paling banyak terdistribusi dengan frekuensi 37,40 %. Sebanyak 10 primer yang berhasil disintesis berkaitan dengan enzim yang terlibat dalam jalur metabolisme. Kesimpulan dari penelitian ini adalah terdapat keragaman SSR pada sekuens EST C. longa. Primer yang dihasilkan telah memenuhi standar. Analisis sekuens menunjukan kemiripan dengan Musa balbisiana dan M. accuminata dan sekuens memiliki gen pembawa sifat antioksidan dan antifungi.
Kata kunci: Curcuma aeruginosa; Curcuma longa; EST; SSR; Primer