Kerang hijau (Perna viridis Linnaeus, 1758) kerang yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi. Usaha budidaya kerang hijau diganggu oleh keberadaan ektoparasit, keberadaan dari ektoparasit Arthropoda, Nematoda dan Protozoa dapat berpengaruh pada penurunan kesehatan kerang. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui ektoparasit Arthropoda, Nematoda dan Protozoa yang terdapat pada kerang hijau serta mengetahui prevalensi, dominansi dan intensitas ektoparasit yang terdapat pada kerang hijau di Tambak Muara Angke Jakarta Utara. Penelitian dilakukan dari bulan April hingga November 2019 menggunakan metode survei. Sampel diambil dari 4 tambak yang berbeda. Setiap tambak diambil sebanyak 25 individu kerang berukuran 4-9 cm menggunakan metode purposive sampling. Setiap tambak dilakukan pengukuran faktor abiotik. Pemeriksaan ektoparasit dilakukan pada permukaan tubuh (cangkang), organ insang dan pada organ palp. Pengambilan sampel dengan cara mengambil sedikit bagian organ target untuk pemeriksaan organ insang dan palp kemudian untuk pemeriksaan ektoparasit pada cangkang kerang dilakukan dengan cara mengusap permukaan cangkang kerang dengan kapas yang telah direndam dengan NaCl, kemudian data tersebut selanjutnya diidentifikasi. Data dianalisis menggunakan Principal Component Analysis (PCA). Hasil identifikasi ektoparasit yang diperoleh 4 genus ektoparasit yang tergolong ke dalam filum Arthropoda yaitu Balanus sp., Nematoda yaitu Strongyloides stercoralis, Platyhelmintes yaitu Gyrodactylus sp., dan Perkinsizoa yaitu Perkinsus sp., nilai prevalensi tertinggi berada pada ektoparasit Perkinsus sp., termasuk kategori sangat sering dengan nilai 50%, kemudian Balanus sp., berada dikategori sering sebesar 25%, dan Gyrodactylus sp., masuk dikategori kadang sebesar 5%. Faktor abiotik yang paling berpengaruh dengan keberadaan ektoparasit adalah DO
Kata kunci: Ektoparasit, kerang hijau, Nematoda, Protozoa