Bucephalandra merupakan marga tanaman air endemik yang berasal dari pulau Kalimantan dan umumnya digunakan dalam desain aquascape. Studi ini didasari pada banyaknya nama-nama dagang Bucephalandra yang beredar di pasar biota akuatik, hal ini menimbulkan kebingungan terhadap jenis dari genus Bucephalandra. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman genetik sampel-sampel nama dagang Bucephalandra yang diperdagangkan di pasar biota air hias di Jakarta dan Jawa Barat berdasarkan marka DNA rbcL (ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase-oksigenase). Isolasi DNA kloroplas menggunakan metode CTAB, kemudian diamplifikasi dengan primer rbcL (rbcLa-F/rbcLa-R) dan disekuensing untuk memperoleh sekuens gen rbcL masing-masing sampel. Rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA7 dengan metode UPGMA untuk mengetahui kemiripan sekuens dari tiap sampel bedasarkan jarak genetiknya, sementara metode MDS (Multidimensional Scaling) digunakan untuk memetakan sebaran sekuens lalu diukur variasi nukleotidanya untuk melihat polimorfisme DNA pada sampel. Sebanyak 177 sekuens Bucephalandra yang dianalisa menghasilkan pohon filogenetik dengan 3 grup utama yaitu grup I, II, dan III. Similaritas yang tinggi ada pada grup I dengan jarak genetik antar sekuens dalam grup terendah (0,1251 ± 0,0067). Sementara hanya 72 sekuens yang merupakan sekuens haplotipe. Nama-nama dagang pada grup I memiliki similaritas sekuens tertinggi lalu diikuti dengan grup II, yang memungkinkan bahwa grup-grup tersebut tergolong ke dalam kelompok atau jenis yang sama.
Kata kunci: Bucephalandra; keanekaragaman genetik; marka rbcL; pohon filogenetik; tanaman air