Keanekaragaman kapang endofit asal tanaman Artemisia annua masih berfokus pada isolasi dari organ daun dan batang dan uji bioaktifitas. Sementara, penelitian terkait identifikasi kapang endofit dengan membandingkan keanekaragamannya antar organ tanaman masih minim dilakukan. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui keanekaragaman komunitas kapang endofit dari organ daun, bunga, cabang, dan batang tanaman A. annua. Metode penelitian diawali dengan isolasi kapang endofit, identifikasi berdasarkan karakter morfologi secara makroskopis dan mikroskopis, dan dihitung tingkat kolonisasi (CR), frekuensi kehadiran relatif (FR), indeks Shannon-Wiener (H’), dan indeks dominansi (D). Hasil penelitian diperoleh sebanyak 29 isolat kapang endofit yang berhasil teridentifikasi di antaranya 5 genus, 2 spesies, dan 6 endophyte fungi. Keanekaragaman tertinggi dihasilkan dari organ daun dengan nilai kolonisasi 23% dan nilai frekuensi kehadiran 17,24%. Perolehan nilai tertinggi ini dihasilkan dari Aspergillus sp. dan Colletotrichum sp. yang merupakan kapang endofit dominan. Secara keseluruhan, indeks keanekaragaman yang didapat termasuk ke dalam kategori sedang (daun dan bunga) dan kategori rendah (cabang dan ranting). Keberadaan kapang endofit menunjukkan bahwa tipe organ tanaman berpengaruh terhadap keanekaragaman suatu komunitas kapang endofit pada tanaman A. annua.