Lahan rawa pasang surut dan lahan rawa lebak merupakan lahan dengan kesuburan rendah. Lahan rawa tersebut berpotensi dikembangkan sebagai lahan pertanian jika dilakukan teknologi perbaikan dengan memperhatikan keanekaragaman mikroba indigenous diantaranya fungi. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh keanekaragaman serta potensi culturable dan unculturable fungi indigenous pada tanah rawa pasang surut Kalimantan Selatan (KS) dan tanah lebak Sumatra Selatan (SS). Sampel tanah diisolasi dari kedua tanah lahan rawa. Identifikasi molekuler dan pengujian potensi fungi sebagai penghasil siderofor, enzim ACC deaminase serta fitohormon AIA diamati untuk culturable fungi, sedangkan pendekatan shotgun metagenomic sequencing digunakan untuk unculturable fungi. Hasil penelitian culturable fungi diperoleh 3 isolat fungi dari tanah KS dan 8 isolat fungi dari tanah SS yang teridentifikasi dari genus Trichoderma, Penicillium dan Talaromyces. Semua isolat culturable fungi tersebut mampu menghasilkan siderofor, enzim ACC deaminase dan fitohormon AIA. Keanekaragaman komunitas unculturable fungi ditemukan 17 spesies pada tanah KS dan 33 spesies pada tanah SS. Sebanyak 4 spesies unculturable fungi dari tanah KS dan 15 spesies unculturable fungi dari tanah SS berperan sebagai agen pemacu pertumbuhan tanaman, biokontrol terhadap patogen dan agen biofertilizer. Fungi indigenous dapat meningkatkan kesuburan lahan rawa yang bermanfaat untuk produksi pertanian berkelanjutan.
Kata kunci : culturable; fungi lahan rawa; keanekaragaman; unculturable; shotgun metagenomic sequencing