Ikan beunteur (Barbodes binotatus) merupakan spesies asli Asia Tenggara, yang juga memiliki persebaran luas di Indonesia dan dapat ditemukan di berbagai kondisi perairan. Perbedaan kondisi perairan juga menyebabkan adanya perbedaan karakter morfologi pada ikan. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis karakteristik morfometrik, mengelompokkan ikan secara geografis, dan mengetahui pengaruh habitat terhadap morfologi B. binotatus di Indonesia. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Ikan, Pusat Riset Biosistematika dan Evolusi, BRIN, Cibinong. Sampel yang diukur sebanyak 343 spesimen awetan basah B. binotatus di Indonesia dari habitat lotik dan lentik, menggunakan metode morfometrik standar dan truss morfometrik. Data yang terkumpul dianalisis menggunakan analisis diskriminan dan uji t. Hasil menunjukkan bahwa karakterisasi menggunakan truss morfometrik lebih tepat untuk mengelompokkan B. binotatus sesuai wilayah persebarannya di Indonesia dibandingkan morfometrik standar. Barbodes binotatus mengelompok berdasarkan karakter morfometrik yang disebabkan oleh respon terhadap kondisi fisik lingkungan dari masing-masing perairan di pulau Sumatera, Jawa, Kalimantan, dan kawasan Wallacea (Sulawesi dan Nusa Tenggara). Barbodes binotatus pada habitat lotik dan lentik memiliki perbedaan yang signifikan berdasarkan karakter morfometrik utama yang menggambarkan bentuk tubuh ikan, seperti panjang, tinggi, serta lebar beberapa bagian tubuh ikan. Hal tersebut menunjukkan bahwa perbedaan habitat perairan (lotik dan lentik), menyebabkan adanya variasi morfologi pada ikan.
Kata kunci: Barbodes binotatus; Habitat; Morfometrik; Variasi geografi