Instalasi Penyimpanan Sementara Bahan Bakar Bekas (IPSB3) berbentuk kolam dan kanal untuk menyimpan Bahan Bakar Nuklir Bekas (BBNB) dari reaktor yang dioperasikan. BBNB masih terus memancarkan radiasi, meskipun sudah disimpan beberapa tahun. Dampak kerusakan kualitas air oleh mikroorganisme yang memengaruhi proses korosi dikenal dengan MIC yang disebabkan oleh jenis bakteri Sulfate Reducing Bacteria (SRB). Penelitian ini bertujuan menentukan kualitas air kolam dan kanal pada IPSB3 sehingga dapat memprediksi keamanan dan keselamatan kerja. Pengambilan sampel dilakukan di kolam dan kanal IPSB3 menggunakan metode purposive sampling dengan analisis menggunakan Total Plate Count (TPC) dan Next Generation Sequencing (NGS). Total bakteri, fungi dan SRB di fasilitas kolam dan kanal di IPSB3 memenuhi persyaratan yang direkomendasikan oleh International Atomic Energy Agency (IAEA). Hasil NGS menunjukkan bahwa di kolam dan kanal IPSB3 memiliki nilai diversitas sedang sesuai nilai indeks Shannon-Wiener senilai 2,6 pada kolam dan 2,2 pada kanal, serta nilai indeks Simpson senilai 0,4 pada kolam dan 0,3 pada kanal yang mampu menunjukkan adanya dominasi yaitu Firmicutes. Deteksi SRB dari filum Desulfobacterota menunjukkan bakteri yang bertanggung jawab atas MIC.
Kata Kunci: Bakteri; IPSB3; MIC