Tiga aksesi rumput kikuyu asal Jawa Barat (Tangkuban Perahu/TP, Burangrang/BR
dan Bukit Tunggul/BT) dibutuhkan suatu metode ekstraksi dan amplifikasi DNA
untuk proses PCR. Tujuan dari penelitian ini untuk (1). Memperoleh jenis organ dan
berat sampel yang menghasilkan kuantitas dan kualitas DNA baik, (2). Membuktikan
keefektifan gen spesifik ndhF untuk amplifikasi genom DNA rumput kikuyu dengan
konsentrasi yang berbeda. Analisis data dilakukan secara deskriptif, karena tidak ada
pengulangan dalam perlakuan. Dua tahapan penelitian ini yaitu (1). Optimasi
ekstraksi DNA menggunakan kit (Promega) dengan perlakuan berbeda untuk jenis
organ tumbuhan (daun, batang, stolon dan akar) dengan berat (100, 200, 300 mg)
sampel, dan (2). Optimasi amplifikasi DNA menggunakan gen spesifik ndhF dengan
konsentrasi genom DNA yang berbeda (40 ng dan 80 ng). Hasil menunjukkan bahwa
kuantitas dan kualitas DNA yang paling baik tidak diperoleh dari sampel daun,
melainkan dari sampel batang 200 mg aksesi TP (63 ng/μl;1,82), stolon 100 mg
aksesi BR (39,4 ng/μl;1,79) dan akar 100 mg aksesi BT (136,7 ng/μl;1,7). Gen
spesifik ndhF berhasil teramplifikasi pada ukuran 500 bp dan konsentrasi cetakan
DNA genom 40 ng pada semua aksesi menghasilkan lebih baik dibandingkan 80 ng
dengan pita tipis dan tidak smear. Sampel batang 200 mg (aksesi TP), stolon 100 mg
(aksesi BR) dan akar 100 mg (aksesi BT) menghasilkan kuantitas dan kualitas DNA
paling baik. Gen spesifik ndhF terbukti efektif mengamplifikasi gen ndhF pada tiga
aksesi rumput kikuyu sedangkan perbedaan konsentrasi genom DNAnya dapat
mempengaruhi ketebalan dan keberadaan smear pada pita DNA hasil PCR.
Kata kunci : Amplifikasi DNA, ekstraksi DNA, gen ndhF, rumput kikuyu