Latar belakang sejarah Pulau Sulawesi berdampak terhadap tingginya tingkat endemisme dan diversifikasi spesies di Sulawesi. Burung sikatan leher-merah (Ficedula rufigula) merupakan salah satu spesies endemik Sulawesi. Barkoding DNA dengan gen Cytochrome Oxidase Subunit 1 (COI) efektif untuk identifikasi spesies dan analisis filogeografi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Ficedula rufigula dengan gen COI, menganalisis filogeni, dan filogeografinya. Metode morfologi dan molekuler digunakan pada penelitian ini. Sampel jaringan hati tiga anggota genus Ficedula dari enam lokasi diekstraksi dan diamplifikasi. Produk PCR disekuen kemudian dianalisis menggunakan MEGA-X dan DnaSP v5. Sebanyak 33 sekuen barkode DNA dari tiga anggota genus Ficedula dan dua belas sekuen dari GenBank digunakan untuk rekonstruksi pohon filogenetik. Hasil analisis menunjukkan bahwa identifikasi morfologi mampu membedakan Ficedula rufigula dari spesies lain, namun tidak dapat mengidentifikasi subpopulasi berdasarkan perbedaan lokasi. Barkoding DNA dengan COI mampu mengidentifikasi Ficedula rufigula sebagai populasi monofiletik dan mampu membedakan populasi-populasinya. Nilai keragaman genetik tertinggi dan tiga haplotipe berbeda ditemukan pada populasi Torompupu. Oleh karena itu, rekonstruksi pohon filogeni dengan gen COI menunjukkan perbedaan di antara populasi monofiletik pada Ficedula rufigula dengan anggota genus Ficedula lainnya dan hasil analisis dapat menunjukkan struktur populasi Ficedula rufigula di Sulawesi berdasarkan distribusi haplotipenya.
Kata kunci: Barkoding DNA; Endemik; Ficedula rufigula; Filogeografi; Gen COI;
Sikatan leher-merah; Sulawesi