Trebouxiophyceae memiliki banyak manfaat dalam berbagai bidang, terutama bidang ekonomi dan bioteknologi. Oleh karena itu, perlu dilakukan identifikasi terhadap Trebouxiophyceae dengan sifat-sifat unggul, baik menggunakan identifikasi morfologi maupun identifikasi molekuler. Namun, belum ada konsensus atas gen penanda, serta primer yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi berbagai mikroalga dari kelas Trebouxiophyceae menggunakan metode PCR. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan primer berdasarkan gen tufA dengan spesifisitas dan parameter yang baik. Sekuen gen tufA dari berbagai spesies Trebouxiophyceae diunduh dari GenBank NCBI, kemudian disejajarkan pada software Unipro UGENE. Perancangan primer dilakukan secara manual dengan mempertimbangkan parameter-parameter primer yang baik, kemudian diuji spesifisitas serta parameternya menggunakan program Primer BLAST dan Oligo Analyzer. Spesifisitas serta parameter primer kemudian dianalisis dan dibandingkan dengan primer dari beberapa penelitian terpublikasi. Pasangan primer terbaik yang dihasilkan pada penelitian ini adalah pasangan primer tufA.F1 (GAAAGTGTTGCTGGTGATAATGTTGG) - tufA.R1 (GGAGTATGTCGACCACCTTCTTC) dengan kemampuan penjaringan sebesar 75% dan panjang produk 164 pb, namun masih memiliki kelemahan pada struktur dimer. Struktur dimer pada pasangan primer tersebut masih mungkin dapat diatasi dengan optimasi kondisi PCR.
Kata kunci: Identifikasi; Primer PCR; Trebouxiophyceae; tufA