Image of Molecular docking dan molecular dynamics senyawa tanaman jambu mete (anacardium occidentale) terhadap reseptor er-α (pdb id: 3ert) sebagai antikanker payudara

Text

Molecular docking dan molecular dynamics senyawa tanaman jambu mete (anacardium occidentale) terhadap reseptor er-α (pdb id: 3ert) sebagai antikanker payudara



Jambu mete (Anacardium occidentale) merupakan salah satu tanaman dari famili Anacardiaceae yang memiliki kadar antioksidan tinggi dan berpotensi sebagai antikanker. Berdasarkan penelusuran literatur, telah teridentifikasi sebanyak 30 senyawa kimia yang terkandung di dalam tanaman jambu mete. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis aktivitas pada masing-masing senyawa bioaktif yang terkandung dalam tanaman jambu mete terhadap sel kanker payudara dengan pendekatan in silico. Reseptor ER-α (PDB ID: 3ERT) dipisahkan dengan native ligand-nya menggunakan software Molegro Molecular Viewer. Senyawa ligan dari tanaman jambu mete dilakukan virtual screening berdasarkan Lipinski Rule of Five, farmakokinetika, dan toksisitas. Ligan yang lolos uji kemudian dilakukan molecular docking terhadap reseptor ER-α (PDB ID: 3ERT) menggunakan software Autodock Tools. Kompleks reseptor-ligan dengan aktivitas antikanker terbaik dilakukan simulasi berdasarkan molecular dynamics menggunakan software YASARA. Hasil pengujian molecular docking terhadap senyawa tanaman jambu mete dengan reseptor ER-α (PDB ID: 3ERT) menghasilkan senyawa stigmast-4-en-3-one, yang berpotensi sebagai antikanker payudara dengan energi bebas lebih kecil (-9,86 kkal/mol) daripada senyawa pembanding tamoxifen (-9,34 kkal/mol). Namun, energi bebas dari stigmast-4-en-3-one lebih besar daripada senyawa native ligand-nya (-11,29 kkal/mol). Visualisasi menunjukkan adanya ikatan hidrogen serupa dengan senyawa pembanding native ligand. Berdasarkan pengujian molecular dynamics pada stigmast-4-en-3-one menghasilkan nilai rentang RMSD sebesar 1,79 – 3,01 Å, nilai RMSF sebesar 2,9 Å, dan energi bebas ikatan melalui MM-PBSA sebesar -26,07 kJ/mol. Senyawa tersebut memiliki kestabilan ikatan dan fleksibilitas yang kurang baik dibandingkan dengan senyawa pembanding native ligand dan tamoxifen
Kata Kunci : molecular docking;molecular dynamics;reseptor ER-α;in silico


Ketersediaan

#
Perpustakaan FST (Skripsi) Belum memasukkan lokasi
KIM4162024
Tersedia

Informasi Detail

Judul Seri
-
No. Panggil
-
Penerbit Prodi Kimia Sains Teknologi UIN JKT : Jakarta, Ciputat.,
Deskripsi Fisik
ix,72 Hlm;28 Cm
Bahasa
Bahasa Indonesia
ISBN/ISSN
-
Klasifikasi
-
Tipe Isi
-
Tipe Media
-
Tipe Pembawa
-
Edisi
-
Subjek
-
Info Detail Spesifik
-
Pernyataan Tanggungjawab

Versi lain/terkait

Tidak tersedia versi lain




Informasi


Akses Katalog Publik Daring - Gunakan fasilitas pencarian untuk mempercepat penemuan data katalog