Suatu kelompok dimana anggota-anggotanya memiliki banyak kesamaan di-anggap memiliki hubungan dekat. Untuk merekonstruksi hubungan kekerabatan suatu organime, di perlukan suatu pendekatan salah satunya adalah filogenetika yang menggunakan barisan DNA. Alasan penggunaan DNA pada pendekatan tersebut adalah karena DNA menyimpan informasi genetic pada suatu organisme. Berbagai metode statistika dikembangkan untuk mengidentifikasi segmentasi barisan DNA, salah satunya adalah Hidden MarkovModel (HMM). Penelitian ini akan mencari tingkat kecocokan DNA antar spesies kucing dari pohon filogenetik Felidae meng-gunakan metode HMM lalu melihat perbedaan hasil persentasenya dengan hasil yang ada pada National CenterforBiotechnologyInformation (NCBI). Dalam penelitian ini masalah utama HMM akan diselesaikan dengan menggunakan Algoritma Maju-Mundur, Algoritma Baum-Welch,dan Algoritma Viterbi. Berdasarkan hasil perhitungan algoritma tersebut ditemukan bahwa dari 10 pasang spesies,7 di antaranya memiliki tingkat kecocokan 100% sementara pasangan Felis Chaus dan Felis Margarita memiliki tingkat kecocokan 83:3% lalu pasangan Felis Chausdan Nigripes serta pasangan Felis Chaus dan Silvestris memiliki tingkat kecocokan paling kecil yaitu 60%. Sebanyak 8 pasangan memiliki perbedaan persentase dengan hasil NCBI sebesar 2% sampai 8%. Sementara perbedaan terbesar ada pada pasangan Felis Chaus dengan Nigripes yaitu sebesar 32% dan pasangan Felis Chaus dengan Felis Silvestris yaitu sebesar 33%.
Kata kunci: Algoritma Baum-Welch, Algoritma Maju-Mundur, Algoritma Viter bi, DNA, Felidae, Hidden Markov Model, HMM