Pulau-pulau di Kepulauan Seribu banyak mendapatkan tekanan dari lingkungan sekitar, baik secara alami maupun faktor antropogenik. Kondisi ini dapat mempengaruhi kehidupan biota di perairan dan sekitarnya, salah satunya terumbu karang. Penelitian ini bertujuan menganalisis kondisi terumbu karang dan prevalensi penyakit serta gangguan kesehatan pada karang di Kepulauan Seribu. Penelitian dilakukan pada 6 stasiun yaitu Pulau Air (Timur), Semak Daun (Selatan), Karang Beras (Timur), Kotok Besar (Selatan), Kotok Kecil (Utara) dan Karang Congkak (Timur) dengan metode Underwater Photo Transect (UPT). Pengambilan data dilakukan di perairan dangkal dengan kedalaman 3-5 meter, meliputi pengambilan data life form, genus, penyakit, dan parameter kimia dan fisik. Data life form terumbu karang diolah menggunakan perangkat lunak CPCe 4.1. Kondisi tutupan terumbu karang pada stasiun penelitian berada dalam kondisi sedang hingga baik. Life form yang mendominasi berbeda pada setiap stasiun penelitian diantaranya foliose, branching, submasif dan masif. Penyakit karang yang ditemukan pada stasiun penelitian antara lain Black Band Disease (BBD), White Syndrome (WS), dan Ulcerative White Syndrome (UWS) serta kategori gangguan kesehatan karang lainnya, yaitu Bleaching (Bl), Pigmentation Response (PR), Sediment Damage (SD), Predation (Pr), dan Growth Anomalies (GA). Prevalensi keseluruhan penyakit dan gangguan kesehatan karang yang tertinggi terdapat pada stasiun Pulau Air (17,99%) dan Kotok besar (17,46%). Sediment damage merupakan gangguan kesehatan karang yang paling banyak ditemukan di semua stasiun penelitian. Terdapat hubungan yang lemah antara tutupan karang hidup dan prevalensi penyakit karang.
Kata kunci: Kepulauan Seribu, penyakit, terumbu karang