Cekaman biotik dan abiotik menjadi salah satu faktor yang sangat mempengaruhi
dalam pertumbuhan tanaman. HD-Zip klas I dan II merupakan gen yang memiliki
peran dalam merespons cekaman biotik dan abioti. Cis-Acting element (CAE)
merupakan motif pendek pada bagian situs awal transkripsi yang memiliki peran
penting dalam regulasi gen dari jaringan dan mengendalikan berbagai proses
biologis seperti stress biotik dan abiotik. Tujuan penelitian ini adalah untuk
mengetahui jenis dan kelimpahan motif CAE gen HD-Zip klas I dan II yang terlibat
dalam mekanisme toleran cekaman biotik dan abiotik, dan pengaturan ekspresi gen
HD-Zip klas I dan II pada tanaman monokotil dan dikotil. Metode yang digunakan
adalah dengan menganalisis motif CAE dari promotor gen HD-Zip secara in silico.
Sekuens promoter didapatkan dari laman iTAK database, kemudian dianalisis
melalui situs PlantCare. Paramater yang diamati meliputi jenis, variasi, motif,
panjang, fungsi CAE. Kemiripan promoter dianalisis menggunakan MEGA X.
Hasil pengamatan menunjukkan bahwa terdapat 83 jenis CAE dari kelompok HDZip
klas I dan II dengan 166 variasi motif dan panjang bervariasi antara 4-6 pb.
Berdasarkan fungsi, CAE yang diperoleh dibagi ke dalam 6 kategori, yaitu Abiotic
Stress, Biotic Stress, Cellular Development, Hormonal Regulation, Protein
Metabolism, dan Structural Element Promoter. Gen HD Zip yang berpotensi
terlibat dalam cekaman abiotik dan biotik masing-masing diperoleh sebanyak 104
dan 96 gen. Kemiripan sekuen promoter gen HD-Zip berdasarkan hasil analisis
MEGA sangat rendah, yang menunjukkan bahwa masing-masing gen HD-Zip
diatur secara unik.
Kata Kunci : Cis-Acting Element, HD-Zip, In Silico, Cekaman Abiotik, Cekaman
Biotik, Promotor