Artemisia annua merupakan tanaman obat penghasil artemisinin yang merupakan senyawa antimalaria. Salah satu cara peningkatan senyawa artemisinin pada tanaman A. annua dilakukan mutasi dengan Ethyl Methane Sulfonat (EMS). Isolasi kapang endofit pada tanaman A. annua mutan telah dilakukan, namun belum dilakukan identifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kapang endofit dari organ tanaman A. annua yang telah dimutasi dengan EMS. Identifikasi kapang endofit menggunakan analisis BLAST dan analisis pohon filogenetik menggunakan metode minimum evolution (ME) pada MEGA 7 dan metode maximum parsimony (MP) pada PAUP 4.0b10. Analisis filogenetik menggunakan sekuen nonkoding daerah Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA. Sebanyak dua belas isolat kapang endofit (8 isolat dari daun, 2 isolat dari batang, 1 isolat dari tangkai daun, dan 1 isolat dari bunga) koleksi Biogen Culture Collection diidentifikasi secara filogenetik sampai tingkat spesies. Kapang endofit yang diidentifikasi berasal dari kelompok Sordariomycetes, yaitu Clonostachys rosea, Fusarium oxysporum, Microascus gracilis, dan Scopulariopsis brevicaulis, satu spesies lainnya merupakan kelompok Eurotiomycetes, yaitu Aspergillus sydowii. Sebanyak 4 famili diperoleh, yaitu Nectriaceae, Bionectriaceae, Microascaceae, dan Aspergillaceae. Semua kelas yang diperoleh termasuk divisi Ascomycota.
Kata kunci: Artemisia annua; Internal Transcribed Spacer (ITS); Kapang Endofit; Pohon filogenetik