Tanaman serai wangi merupakan tanaman yang dapat menghasilkan minyak atsiri dengan kandungan senyawa aktif di antaranya, sitronelal, sitronelol, geraniol, dan senyawa aktif lain, seperti isoeugenol. Senyawa isoeugenol yang dihasilkan oleh tanaman serai wangi memiliki harga jual yang lebih tinggi dibandingkan senyawa aktif utamanya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat kapang endofit asal tanaman serai wangi yang berpotensi dalam meningkatkan kandungan senyawa isoeugenol dengan perlakuan inokulasi kapang endofit pada tanaman serai wangi. Analisis data parameter tanaman diolah menggunakan One Way ANOVA pada aplikasi SPSS versi 25.0 kemudian dilakukan uji DMRT (Duncan’s Multiple Range Test) pada taraf 5%. Analisis kandungan senyawa isoeugenol tanaman serai wangi menggunakan GC-MS, isolat dengan kandungan di atas kontrol dilanjutkan dengan analisis molekuler meliputi BLAST, analisis filogenetik, dan karakterisasi kapang endofit. Hasil identifikasi molekuler menggunakan primer ITS1 dan ITS4 terhadap 5 kapang endofit yang mampu meningkatkan kandungan senyawa isoeugenol di atas tanaman kontrol. Kapang endofit dan persen peningkatannya, yaitu Clonostachys rosea (8,25%), Curvularia lunata (7,28%), Cladosporium cladosporioides (7,52%), Gaeumannomyces graminis (20,87%), dan Aspergillus flavus (0,24%). Peningkatan senyawa isoeugenol tertinggi terdapat pada kapang endofit Gaeumannomyces graminis sebesar 20,87%. Kapang endofit mampu meningkatkan produksi kadar senyawa isoeugenol tanaman serai wangi.
Kata kunci: Cymbopogon winterianus; Enzim Phenylalanine ammonia lyase; Gaeumannomyes graminis; GCMS; Isoeugenol