Kemampuan adaptasi ikan sapu-sapu (Pterygoplichthys pardalis) untuk hidup di
Sungai Ciliwung yang tercemar logam berat, seperti Cd, Hg, dan Pb didukung oleh
bakteri yang hidup di usus karena bakteri usus berkontribusi dalam menjaga kondisi
inangnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman bakteri yang
hidup di usus ikan sapu-sapu serta korelasinya terhadap keberadaan cemaran logam
Cd, Hg, dan Pb di Sungai Ciliwung. Analisis keanekaragaman bakteri dilakukan
menggunakan Next Generation Sequencing (NGS) dan hasil sekuens dianalisis
menggunakan Qiime2. Hasil menunjukkan indeks keanekaragaman bakteri usus
ikan sapu-sapu Sungai Ciliwung tergolong tinggi dengan nilai indeks
keanekaragaman Shannon-Wiener (H’) lebih dari 3. Keanekaragaman bakteri
tertinggi terdapat di ikan sapu-sapu Bogor (H’= 7,291), tetapi menurun nilainya di
ikan sapu-sapu Depok (H’= 7,283) dan Jakarta (H’ = 7,219). Keberadaan cemaran
logam berat Cd, Hg, dan Pb diketahui berkorelasi negatif terhadap keanekaragaman
bakteri usus ikan sapu-sapu. Filum paling dominan terdiri atas Actinobacteria,
Proteobacteria, dan Firmicutes. Sejumlah genus terdeteksi sebagai bakteri inti dan
bakteri sementara (transient) di usus ikan sapu-sapu Sungai Ciliwung dan diketahui
mampu untuk mengatasi cemaran, sehingga diduga berperan besar dalam
mengatasi cemaran yang masuk ke usus ikan.
Kata kunci: Bakteri usus; Ikan sapu-sapu (P. pardalis); Keanekaragaman; Logam
berat; NGS; Sungai Ciliwung