Cekaman kekeringan mengakibatkan penurunan produktivitas cabai di Indonesia, sehingga diperlukan pengembangan tanaman cabai toleran kekeringan. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh karakter morfologi dan anatomi yang akan digunakan sebagai kriteria seleksi terhadap toleransi tanaman cabai pada kondisi cekaman kekeringan. Penelitian menggunakan rancangan acak kelompok (RAK) pola tersarang. Petak utama adalah kadar lengas tanah yaitu 80% (kontrol) dan 35% kapasitas lapang (cekaman kekeringan), anak petak adalah genotipe cabai (Anies, Hot Banana, Adelina, SSP, Bara, dan Genie). Analisis data menggunakan sidik ragam (ANOVA), uji beda nyata terkecil (BNT), pendugaan nilai heritabilitas, analisis korelasi, dan uji Stress Suscepbility Index (SSI). Cekaman kekeringan mengakibatkan penurunan pertumbuhan semua karakter morfologi dan anatomi. Namun pada karakter morfologi, cekaman kekeringan mengakibatkan umur berbunga dan panen hingga 26 hari lebih cepat dibandingkan kontrol serta mengakibatkan peningkatan kerapatan trikoma pada karakter anatomi. Karakter jumlah buah per tanaman, panjang dan diameter buah dengan nilai heritabilitas tinggi (>50%) dan berkorelasi positif (semakin mendekati +1) terhadap hasil produksi cabai (bobot buah per tanaman) pada kondisi cekaman dan kontrol dapat dipilih sebagai karakter seleksi tanaman cabai terhadap cekaman kekeringan. Genotipe cabai SSP dan Genie termasuk tanaman cabai toleran (nilai SSI