Kapang endofit yang terdapat dalam tanaman kratom perlu diketahui karena tanaman ini memiliki berbagai manfaat farmakologis dari senyawa metabolit sekunder yang dikandungnya. Sementara, studi mengenai keanekaragaman kapang endofit yang ada pada tanaman kratom belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian ini untuk memperoleh informasi keanekaragaman dan distribusi kapang endofit dari ranting tua, ranting muda, daun tua, dan daun muda serta karakter morfologi kapang endofit yang ditemukan pada tanaman kratom. Penelitian ini menggunakan metode eksploratif dengan analisis data kapang endofit terpilih meliputi tingkat kolonisasi, keanekaragaman (H’), indeks dominansi (D), dan frekuensi kehadiran (FR) kapang endofit tanaman kratom. Hasil penelitian diperoleh sebanyak 43 isolat kapang endofit dikelompokkan ke dalam 26 morfotipe berdasarkan karakter morfologi, terdiri dari 9 genus kapang endofit dan 3 isolat hifa steril. Tingkat kolonisasi tertinggi dihasilkan dari organ ranting tua (10%) dengan nilai frekuensi kehadiran tertinggi terdapat pada organ ranting tua 35%. Kapang endofit yang mendominansi pada penelitian ini yaitu Colletotrichum sp. dan Phlebiopsis sp. Keanekaragaman kapang endofit tanaman kratom dari organ ranting tua dan muda tergolong dalam kategori sedang, organ daun tua dan muda tergolong dalam kategori rendah. Hal tersebut menunjukkan, bahwa tingkat dan jumlah kehadiran kapang endofit yang ditemui pada suatu organ dapat mempengaruhi peningkatan indeks keanekaragaman pada tanaman kratom.
Kata kunci : kapang endofit;keanekaragaman;kratom;colletotrichum sp