Produksi mikroalga untuk pakan akuakultur menggunakan Thalassiosira sp. banyak dilakukan karena memiliki nutrisi yang tinggi. Mikroalga sering disimpan terlebih dahulu sebelum digunakan sebagai pakan akuakultur, oleh karena itu diperlukan penelitian untuk menentukan suhu, waktu penyimpanan, dan Teknik pemanenan yang tepat untuk mempertahankan viabilitas mikroalga Thalassiosira sp. Kultur Thalassiosira sp. ditumbuhkan selama 7 hari, kemudian dipanen dengan
cara disentrifugasi atau tanpa sentrifugasi (pengendapan manual) dan disimpan pada suhu 25°C, 4°C dan -20°C selama 7, 14 dan 30 hari. Setelah penyimpanan, Thalassiosira sp. dikulturkan kembali selama 7 hari untuk dilihat kemampuan tumbuhnya dan dipanen untuk dianalisis kandungan proteinnya. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL). Analisis protein dilakukan menggunakan metode Bradford. Data dianalisis dengan uji sidik ragam untuk melihat perbedaan antar perlakuan dan dilanjutkan dengan uji Tukey untuk melihat perbedaan dalam perlakuan. Hasil penelitian menunjukan bahwa suhu penyimpanan 25°C adalah suhu yang menghasilkan viabilitas pertumbuhan terbaik bagi Thalassiosira sp. setelah penyimpanan 7, 14, dan 30 hari, dengan kepadatan sel mencapai 113,0 x 104 sel/ml pada waktu penyimpanan 7 hari. Produktivitas biomassa dengan viabilitas tertinggi diperoleh pada suhu 25oC dengan waktu penyimpanan 7 hari yaitu 0,63 g/l. Kandungan protein tertinggi dijumpai pada perlakuan suhu penyimpanan 25oC selama 30 hari yaitu 4,73%. Suhu 25oC merupakan suhu penyimpanan yang optimal karena mampu mempertahankan viabilitas sel dalam waktu penyimpanan 7, 14, dan 30 hari, suhu penyimpanan 25oC juga menghasilkan kandungan protein dan produktivitas biomassa tertinggi. Teknik pemanenan tidak berpengaruh terhadap kepadatan sel dan biomassa namun berpengaruh terhadap kandungan protein Thalassiosira sp.
Kata kunci: Mikroalga Thalassiosira sp.; Suhu Penyimpanan; Teknik Pemanenan; Waktu Penyimpanan.