Tanaman eukaliptus (Eucalyptus sp.) dikenal sebagai tanaman obat penghasil minyak atsiri yang mengandung beragam senyawa metabolit sekunder, seperti 1,8-cineole, α-pinen, dan α-guaiene, serta tanaman tropis yang umum dimanfaatkan dalam pembangunan Hutan Tanaman Industri (HTI) di Indonesia. Kapang endofit yang bersimbiosis dengan tanaman berpotensi menghasilkan senyawa metabolit yang sama. Salah satu cara mengetahui potensi kapang endofit pada eukaliptus dengan dilakukannya identifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kapang endofit tanaman eukaliptus berdasarkan analisis BLAST dan pohon filogenetik menggunakan perangkat MEGA 11 dengan metode Neighbor Joining dan p-distance sebanyak 1000 replikasi. Sembilan jenis isolat kapang endofit tanaman eukaliptus (Eucalyptus sp.) berhasil diidentifikasi seluruhnya sampai tingkat spesies menggunakan sekuen daerah ITS rDNA dan pengamatan karakter morfologi. Terdapat 20 isolat kapang yang berhasil diisolasi dari organ daun dan ranting tanaman eukaliptus (Eucalyptus sp.), yaitu 16 isolat dari organ daun dan 4 isolat dari organ ranting yang dikarakterisasi menjadi 9 morfotipe. Spesies teridentifikasi berasal dari kelas Sordariomycetes dan Dothideomycetes. Spesies yang teridentifikasi didominasi oleh kelas Sordariomycetes, yaitu Hypoxylon liviae, Pestalotiopsis cf. microspora, Colletotrichum musicola, Fusarium ambrosium, Diaporthe phoenicicola, dan Diaporthe longicolla. Kapang endofit lainnya berasal dari kelas Dothideomycetes, diidentifikasi sebagai Curvularia soli, Corynespora cassicola, dan Phyllostica capitalensis. Semua kelas yang diperoleh termasuk ke dalam divisi Ascomycota.
Kata Kunci : Kapang endofit;Daerah ITS rDNA;Analisis filogenetik;Eukaliptus