Cendana (Santalum album L.) menyimpan berbagai mikroba endofit di dalam bagian tanaman yang terdiri dari berbagai macam, salah satunya adalah kapang endofit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kapang endofit dari bagian daun, batang, ranting dan akar S. album serta mengetahui komposisi spesies indeks keanekaragaman, dominansi dan frekuensi kehadiran relatifnya. Analisis data dilakukan perhitungan indeks keanekaragaman (H’), dominansi (D) dan frekuensi kehadiran relatif (FR). Keanekaragaman kapang endofit yang diperoleh pada bagian daun adalah Aspergillus sp., Penicillium sp., Colletotrichum sp., Fusarium sp. dan Endophyte fungi. Bagian batang diperoleh Aspergillus sp., Penicillium sp. Rhizopus sp. dan Endophyte fungi. Bagian ranting diperoleh Aspergillus sp., Penicillium sp dan Fusarium sp. dan Endophyte fungi sedangkan bagian akar diperoleh Aspergillus sp. dan Endophyte fungi. Indeks keanekaragama (H’) tertinggi diperoleh pada bagian batang (1,52) yang dikatagorikan sedang. Indeks dominansi (D) menunjukkan bahwa tingkat dominansi kapang endofit tertinggi diperoleh pada bagian akar (0,5) dikatagorikan sedang. Frekuensi kehadiran relatif (FR) tertinggi ditemukan pada bagian daun yaitu Aspergillus sp. (18,5%).
Kata kunci:Cendana; endofit; dominansi; Frekuensi kehadiran relatif; keanekaragaman