Aktivitas antropogenik berpotensi masuknya mikroplastik ke perairan mangrove Kwatisore Taman Nasional Teluk Cenderawasih (TNTC). Keberadaan mikroplastik di perairan memberi dampak negatif bagi organisme perairan, salah satunya zooplankton. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui komposisi, hubungan, dan rasio antara kelimpahan mikroplastik dengan kelimpahan zooplankton. Pengambilan sampel zooplankton dan mikroplastik dilakukan di 8 stasiun penelitian pada zona intertidal. Zooplankton dan mikroplastik diidentifikasi dan dilihat hubungannya dengan analisis korelasi Spearman. Kelimpahan zooplankton memiliki kisaran nilai 625-3125 ind/L dengan kelimpahan tertinggi pada stasiun 6. Komposisi zooplankton yang didapatkan terdiri dari 2 spesies yaitu Nauplius dan Canthocalanus pauper. Nilai indeks keanekaragaman (H’), Dominansi (D), dan Kemerataan (E) masing-masing sebesar 1,24, 1, dan 0,48 menunjukkan struktur komunitas yang tertekan. Rata-rata kelimpahan mikroplastik memiliki kisaran nilai 0,94-14,75 partikel/m3 dengan jenis mikroplastik yang ditemukan berupa 236 pelet, 196 fragmen, 33 film, dan 15 fiber. Warna mikroplastik yang ditemukan berwarna hitam, transparan, kuning, merah, dan biru. Tidak terdapat hubungan yang signifikan antara kelimpahan mikroplastik dengan kelimpahan zooplankton. Rasio kelimpahan mikroplastik dengan kelimpahan zooplankton sebesar 1:42. Hal ini dapat disimpulkan bahwa kelimpahan zooplankton masih jauh lebih besar dibandingkan dengan kelimpahan mikroplastik, namun hal ini tetap harus diwaspadai mengingat masih tingginya penggunaan sampah plastik.
Kata kunci: Hubungan; Mikroplastik; Rasio; Zooplankton